Историческият музей е още едно доказателство за високата интелигентност на самоковските граждани, за чувството им за историческа памет и висока обществена ангажираност. В началото на тридесетте години известните самоковски художници Наум Хаджимладенов и Васил Захариев дават идеята за музейна сбирка, която да се помещава в народното читалище. Осъществяването на идеята става през лятото на 1931 година с дейното участие на още двама известни майстори на четката - Христо Йончев-Крискарец и Павел Францалийски.
Пръв уредник на музейната сбирка е Наум Хаджимладенов. Васил Захариев разработва Правилник на музея, който е утвърден от Министерството на просветата и по този начин сбирката е призната официално. Христо Вакарелски описва експонатите в инвентарна книга, а Слави Генев изготвя тематико-експозиционен план. През 1957 година Георги Белстойнев завършва художественото оформление на музея, което е запазено и до днес на първия етаж. През 1937 г. Христо Йончев-Крискарец прави изложба на народното творчество в Самоковско, която поставя началото на етнографската сбирка. През 1958 г. е завършена експозиция Възраждане, през 1966 г. - революционно движение. Днес музеят притежава около 30 000 експоната.