От 1557 г. до 1907 г. градът е център на Самоковската епархия. И днес в района има няколко манастира:
Девическият манастир “Покров Пр. Богородици” в Самоков започва своя живот около 1772 година като малко девическо монашеско общежитие. Основано е от баба Фота, която подарява имотите си на Рилския манастир, а в собствената си къща обединява малобройна девическа общност. В средата на XIX век там вече, по каноните на оформения по подобие на Рилския типик устав, живеят повече от сто монахини и послушнички. Още от създаването си женският метох става средище на духовност и просветителство. През 1837-1839 година, наред с други разширения, е издигната внушителна трикорабна църква. Метохът бил обграден с висок зид. Освен църквата е построена и магерница. Постепенно се оформил цял комплекс с жилищни и стопански крила. Църквата е каменна, трикорабна, разделена от два реда колони, свързани с арки. Олтарът е с три апсиди — едно от първите представителни решения в църковното строителство през Възраждането. От запад има аркадна открита нартика, върху която ляга обширна емпория, която към наоса се открива с пластично двойноогъваща се линия на парапета. По своята архитектура тази църква има много по-близък паралел с творчеството на Тревненската и Дряновската школа, отколкото със Самоковската. Този храм е бил повлиян от творчеството или дори може да е дело на тревненския първомайстор Димитър Сергьов. Позлатените резби на иконостаса обаче, балдахинът над светия престол и другите църковни мебели, без съмнение са дело на самоковски майстори. Особена виртуозност има в изработката на иконостасните царски двери. Съществува мнение, че иконостасните икони са дело на самоковския зограф Христо Димитров. Тук, редом с образите на Богородица с младенеца и Исус Христос, са изобразени и първоучителите Св. св. Кирил и Методий.Освен тях в църквата се пазят интересни икони от самоковската школа - св. Никола, св. Йоан Златоуст, Три светители и др. По свода на църквата личат следи от възрожденски стенописи — дело на самоковски майстори.
Църква „Свети Никола“
Църквата е построена в по-късен период, 1859-1860 г., когато християните в Турция получили по силата на провежданите реформи известни религиозни свободи и самоковци издействали ферман. Те вярвали, че на това място е имало църква още преди падането на града под турска власт. След като бил завършен иконостасът и поставени иконите, храмът бил осветен тържествено на 26 октомври 1861 година, Димитровден, от архимандрит Хрисант Дойчинов и градските свещеници, за да свърже завинаги родолюбието на самоковци с борбата срещу гръцкото духовенство. Именно в тези дни от града е изгонен гръцкия владика Матей Самоковски, а църковната служба започва да се води само на български език. Дръзкото строителство на църквата "Свети Никола" показва тази решителност за отхвърляне на гръцките владици, но и неустоим копнеж за национално освобождение. Трите ѝ купола белеят отдалеч, устремени в синевата. Високата каменна ограда тук не скрива почти нищо. Църквата "Свети Никола" сякаш е апотеоз на националното духовно освобождаване. Иконите ѝ са работени от самоковски зографи, но вътре липсват стенописи. "Св. Никола" е гробищна църква. В двора ѝ са били погребани видни самоковски личности като Захари Хаджигюров, Захари Зограф и др. През 50-те години част от гробищния парк е застроен. Надгробните плочи на Захари Зограф и Християния днес се съхраняват в Историческия музей.
Долномахаленска църква „Въведение Богородично“
Строителната одисея на тази църква приключва през 1835 година. сградата е трикорабна, с полуцилиндрично засводяване, носено от два реда измазани дървени колони. В нея са съхранени икони, дело на прочутите самоковски майстори. Тя е най-малката от действащите самоковски църкви. Строена е по-пестеливо, тъй като в тази част на града е имало по-малко миряни. Днес тя носи не по-малка историческа стойност от останалите храмове. Около 1855 година самоковските евреи замислили построяването на голяма представителна синагога и учредили фонд за набиране на средства. Строежът започнал три години по-късно, за да приключи през 1860 г. Тогава еврейското население в града брояло вече 130 семейства. Новата синагога е построена по планове на Бет-Амикдаша. Сградата била украсена с богато резбован таван, отделните полета на който били свързани с изписани орнаментални фризове. Овалните пана с букети и пейзажът в молитвената ниша свидетелстват за общите художествени вкусове в Самоков през миналия век. Майсторите зографи от града изписали върху западната вътрешна стена на молитвения салон и върху нишата на източния овални пана с букети в тях. Над вратата на синагогата е взидан мраморен къс с издълбан в него следния надпис Тази е вратата господня... Синагогата е нова постройка по план на Бет-Амикадаша, в която хората ще бъдат благословени в името господне и ще цъфтят в града на Арие, Иеуда и Габриел. Тя е паметник на културата от национално значение.
Митрополитската църква, построена 18-19 век, има уникални дърворезби.
През 1793 година в Самоков била осветена църква с името "Успение на св. Богородица", наречена още Митрополитска. Църквата е издигната на мястото на по-малка църква от XVII век със средствата на родолюбиви самоковци. Наполовина скрита в земята, тя била оградена още и с пръстен от висок каменен дувар. През 1805 г. започнало преизграждане на църквата с цел превръщането ѝ от едно- в трикорабна, по-висока и по-просторна. Четвърт век били нужни на строителите да завършат новия храм. Новият молитвен салон е с яки каменни стени. Два реда колони го разделят на три кораба,средният от които е по-широк от страничните. Гевгирени решетки и дъсчени стени затварят от запад параклис и стълбище за емпорията. От изток е прибавена олтарна апсида, която излиза извън правоъгълния молитвен салон. Църквата се завършва от открит притвор, чието писано чело се носи от стройни колони с резбовани главулеци. За деня на освещаването светогорският майстор Андон изрязал иконостас, амвон, архиерейски и епитропски тронове, два проскенитария. Дърворезбата е върху орехови дъски, които конски керван пренесъл от далечния Атон. Иконите, които били вложени в прорезите на иконостаса, са дело на "Христоте даскало" - първозографът Христо Димитров. Този иконостас е първият паметник, ознаменувал раждането на Самоковската художествена школа. Заедно със строежа за разширението на Митрополитската църква трябвало да бъде разширен и иконостасът на майстор Андон. Това свършил дошлият наскоро от Солун майстор Атанас Теладур. През 1833 г. майсторът завършил двете нови странични крила на иконостаса като ги свързал с архитектоничното членение, което майстор Андон дал на своето творение. Така резбената преграда на олтара се превърнала в една цялостна вертикална стена с един цокълен ред, ред на големите икони, архитрав, корниз и лозница, ред на малките икони и богата ажурна венчилка. И така двамата майстори, дошли в различни времена в Самоков, създават с творческа дързост един паметник на резбарското изкуство, който се превръща в школа за майсторите-резбари от Самоков.
Бельова църква
Бельовата църква е късно-средновековна църква (XV-XVII в.) на 2 км. южно от гр. Самоков, вляво от шосето за Боровец. Еднокорабна и едноапсидна църква, с полуцилиндричен свод, полувкопана в земята. В сегашния си вид е построена към XV-XVII век, върху основите на по стари християнски храмове. Изградена е от ломен камък на хоросанова спойка.
Байракли джамия или Старата джамия. Тя е музеен обект и може да се посещава от туристи.
