Самоковската котловина е богата на води и предлага невероятни условия за летен туризъм и водни спортове. През нея минава река Искър, която в началото си има два основни ръкава — Черни Искър и Бели Искър с многобройни по-малки вливащи рекички и потоци и нейните притоци — Палакария и Шипочаница. Преди града покрай реката се намира местността Лаго.Тя е широка около 200-300м.През нея минава път и много острови, покрити с влаголюбиви гори. След града по течението на Искър е разположен язовир Искър. Две от най-красивите рилски езера кътат хладните си води в този край: Йончево езеро и Страшно езеро. И двете са били любимо място на живописеца Христо Йончев-Крискарец. Неговото име носи Йончево езеро. Около тях има още четири, най-посещаваното от които е Свинското. В района на малка Мальовица се намират двете Камилски езера, а източно от връх Мальовица - Еленските.
